开展微生物发酵及发酵后处理的生产工艺研究，以及有机肥发酵生产工艺研究，侧重生产工艺应用，转化实验成果。分为发酵试验组和工艺应用组两个小组。
开展细菌、真菌等微生物技术研究、菌株筛选、功能产品研发，并指导车间开展微生物培养、接种工作，以及菌株的分子鉴定、定量PCR等方面的研究。分为细菌研究组、真菌研究组、分子研究组、木霉研究组四个小组。
为市场客户提供种植技术、土壤修复工程服务，培训、指导客户有关植物营养、土壤改良和土传病害防控方面的知识和应用。并组织实施产品田间试验，收集、跟踪产品应用数据和效果。分为技术服务组、田间试验组、土壤修复工程组三个小组。
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